许亚军小学就读北京一所重点文艺学校，所以从小就有机会拍戏，8岁就参演了自己的第一部电视剧。12岁就考上中戏的儿童戏演员班。
1980年，许亚军毕业于中央戏剧学院表演系，同年进中国儿童艺术剧院工作。
1986年，与宋丹丹主演电视剧《寻找回来的世界》，凭借不良少年“伯爵”获大众电视金鹰奖最佳男演员奖。
1992年，与宋春丽、茹萍主演电视剧《风雨丽人》，获得第13届全国电视剧“飞天奖”长篇电视连续剧奖、1992年第11届“大众电视金鹰奖”。
2002年，与陶虹主演杨亚洲执导的电视剧《空镜子》。
2004年，与陶虹再次合作主演的艾滋病题材电视剧《生命的颜色》，饰演归国医学专家贺南之；同年12月，与张恒、于小慧主演以医学研究为背景的警匪题材电视剧《黑色郁金香》，饰演第一男主角徐谦。
2007年，主演电视剧《我们的知青年代》。2008年，与杨若兮主演根据原创小说《杀妻》改编的心理悬疑剧《红海棠》，饰演杨俊德一角。
2009年，与陈小艺、胡可联袂主演的家庭伦理剧《复婚》；同年，参演电影《徐海东血战町店》，饰演徐海东。
2011年，与陈小艺主演电视剧《唐山大地震》
2011年，与宋丹丹主演电视剧《李春天的春天》
2012年，主演军旅题材连续剧《青春燃烧的岁月》，饰演喜怒形于色的敢打敢担的火爆脾气团长孟青田。
2013年12月，与陈小艺第三次合作，主演都市情感戏《我和我的他们》。